企业合法地用可信时间戳保护商业秘密权益，可以通过以下步骤实现：
一、了解可信时间戳的基本概念
可信时间戳是由我国时间戳服务中心签发的一个能证明数据电文（电子文件）在某一时间点是已经存在的、完整的、可验证的电子凭证。它采用了国家标准时间源和现代密码技术，能够确保电子数据的真实性和完整性，并具有法律效应。
二、选择可靠的可信时间戳服务机构
企业应选择由国家授权或认证的可信时间戳服务机构，如联合信任时间戳服务中心等。这些机构具有权威性和公信力，能够为企业提供合法、有效的可信时间戳服务。
三、制定商业秘密保护策略
明确保护范围：企业应明确哪些信息属于商业秘密，并将其进行分类管理。
建立保护制度：制定和完善商业秘密保护制度，包括保密协议、保密制度、保密培训等。
控制接触范围：对接触商业秘密的人员进行严格控制，确保只有必要的人员才能接触到相关信息。
四、使用可信时间戳保护商业秘密
选择保护方式：
脱敏认证：无需上传原始文件，更好地保护隐私。这种方式适用于不希望泄露文件内容的场景。
存证：将文件上传至知识产权保护平台，以避免文件因不当保存而导致的丢失或损坏。这种方式适用于需要长期保存和证明文件真实性的场景。
操作步骤：
登录可信时间戳服务机构的官方网站或APP，如联合信任时间戳服务官网（http://www.tsa.cn）。
根据文件类型选择合适的保护类型，并上传需要保护的文件或进行脱敏认证。
填写申请人信息和自述声明，确保信息准确无误。
提交申请并等待时间戳证书的生成。
保存和使用时间戳证书：
将时间戳证书下载并妥善保存，作为证明文件真实性和存在时间的法律依据。
在需要时，将时间戳证书提交给法院、仲裁机构或其他相关部门作为证据使用。
五、加强内部管理和员工培训
加强内部管理：建立健全的内部管理制度，确保商业秘密的安全和保密性。
开展员工培训：定期对员工进行商业秘密保护和时间戳应用的培训，提高员工的保密意识和操作技能。
六、利用法律手段维护权益
一旦发现商业秘密被侵犯，企业应及时采取法律手段维护自身权益。通过提交可信时间戳证书等证据材料，向法院提起诉讼或申请仲裁等。
通过以上步骤，企业可以合法地使用可信时间戳保护商业秘密权益，提高商业秘密的安全性和保密性，降低商业秘密被侵犯的风险。
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